結論から申し上げます。少数株主を会社法上の手続により整理できるかどうかは、まず、支配株主又はその関係者が保有する議決権の割合によって決まります。手法ごとに必要となる割合が異なりますので、株主名簿を確認すれば、いま採り得る手法の範囲はおおむね判明します。

割合の要件を満たさない場合には、まず任意の取得により議決権を積み増すことを検討します。したがって、任意の取得と会社法上の手続とは、対立するものではなく、順序の問題として整理されます。

割合の要件のほかに、確認すべき事項があります。定款の定めの内容、株券を発行する旨の定款の定めの有無と株券の所在、所在の分からない株主の有無、名義の借用によるとみられる株主の有無です。これらが整理されていないまま手続に着手すると、途中で進まなくなることがあります。

会社法上の手続により少数株主が保有する株式を取得する場合、反対する株主には、買取りを請求し、又は価格の決定を求める申立てを行う手段が用意されています。また、手続そのものの効力を争う手段が用いられることもあります。

会社の側としては、これらが行われることを想定したうえで手続を設計します。想定していなかった手続が行われると、その対応に追われ、当初予定していた日程を維持できなくなることがあります。

反対する株主が現れることは、手続の失敗を意味しません。価格について争いが生じた場合であっても、手続自体は進行することがあります。重要なのは、手続の適法性を確保し、対価の額について説明できる状態を作っておくことです。

以上はご相談の内容を抽象化し、当事者を特定できないように加工したものです。結果は事案ごとの事実関係及び資料によって異なり、同様の結果を保証するものではありません。また、個別の交渉の順序その他の具体的な進め方は記載していません。